Colloquium DIRO -- Pavages et réseaux appliqués à la structure des protéines

12/04/2015 - 11:00
12/04/2015 - 12:00
Speaker: 
Laurent Vuillon (Université de Savoie)
Location: 
Université de Montréal, Pavillon André-Aisenstadt, 2920 ch. de la Tour, Salle 1409
Abstract: 

Les protéines oligomériques sont faites à partir de l'association de chaînes protéiques à l'aide d'interfaces formées par des interactions entre acides aminés. Dans cet exposé, nous proposons des concepts de mathématiques discrètes et d'informatique théorique pour étudier les contraintes qui régissent les interfaces protéiques et la structure 3D des protéines afin de former des protéines oligomériques. Nous allons dans un premier temps considérer les groupes de symétries dans l'espace et des contraintes de pavages du plan par translation de formes discrètes pour bien comprendre la notion d'interface. En utilisant le théorème de Beauquier-Nivat, nous allons montrer que dans le plan les pavés qui pavent le plan par translation sont soit des pseudo-carrés soit des pseudo-hexagones. Dans un deuxième temps, nous utilisons ces résultats pour paver de façon théorique des cylindres et nous discutons de l'utilisation de ces pavages pour construire des fibres biologiques réelles. Nous donnons ensuite des exemples biologiques de telles constructions. Dans une troisième partie, nous allons construire des réseaux d'adjacences atomiques afin de comprendre la structure 3D des protéines. Et nous allons montrer que certaines mutations d'acides aminés peuvent donner de mauvaises conformations 3D et donc mener à des maladies du type cancer. Nous présentons une mesure sur les graphes d'adjacences atomiques qui permet de tester la robustesse ou la plasticité des acides aminés d'une protéine donnée. L'idée sera de comprendre comment un changement local (une mutation d'un acide aminé par un autre) peut induire un changement global qui déstabilise la protéine tout entière.

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